En bref

Le syndrome de l'intestin irritable et le SIBO ne sont pas deux noms pour la même chose. Le premier est un cadre défini par des symptômes, et nous avons détaillé ailleurs ce qu'on en sait et les leviers du quotidien. Le second désigne un excès de bactéries dans l'intestin grêle. Les deux se recoupent souvent, et c'est de ce recoupement que naît la confusion.

La question utile porte donc sur le lieu : ce qui se passe dans le grêle, ce qui se passe dans le côlon, et comment on regarde chacun.

• Le SII se définit par des symptômes, le SIBO par un nombre de bactéries dans le grêle. En pratique : aucun dosage ne confirme le premier, un examen cherche le second.
• Le test respiratoire mesure des gaz expirés. En pratique : c'est une mesure indirecte, prescrite par un médecin, et son résultat dépend du sucre avalé.
• Environ quatre personnes sur dix qui remplissent les critères du SII ont un test positif. En pratique : le SIBO explique une partie des cas, pas tous.
• Les sociétés savantes ne lisent pas ce test de la même façon. En pratique : un résultat se lit avec le sucre et le seuil qui ont servi à l'obtenir.
• Une analyse de selles décrit le côlon, où les bactéries sont nombreuses. En pratique : elle montre les familles qui fermentent chez vous, quand le test respiratoire cherche une prolifération dans le grêle.

Le SIBO, c'est quoi ?

SIBO est l'acronyme anglais de small intestinal bacterial overgrowth. En français, les gastro-entérologues parlent de pullulation microbienne intestinale, ou de pullulation microbienne du grêle (Mion, POST'U 2022). Le collège américain de gastro-entérologie le définit comme « la présence d'un nombre excessif de bactéries dans l'intestin grêle, causant des symptômes digestifs » (Pimentel et al., American Journal of Gastroenterology, 2020).

Le mot « grêle » situe le problème. C'est le segment qui suit l'estomac, celui où les nutriments sont absorbés, et où les bactéries sont normalement peu nombreuses : la même recommandation rappelle que chez des sujets normaux, leur concentration dans le liquide duodénal dépasse rarement 100 par millilitre. Plus loin, le côlon héberge sa propre flore, et ce qui distingue le côlon de l'intestin grêle commande tout le reste.

Le mot « excessif », lui, n'a pas la même valeur selon les sources. La méthode de référence consiste à aspirer du liquide dans le duodénum ou le jéjunum et à le mettre en culture. Le seuil historique de positivité était de 100 000 bactéries cultivables par millilitre, et c'est celui que reprend la mise au point française de 2022 (Mion, POST'U 2022). Les recommandations américaines de 2020 l'ont abaissé à 1 000 par millilitre, au motif que le seuil élevé avait été établi chez des patients à l'anatomie digestive modifiée. Un facteur cent sépare donc les deux seuils pour le même examen : selon celui qu'on retient, une même aspiration est positive ou négative.

Qu'est-ce qui sépare le SII du SIBO ?

Ce sont deux objets de nature différente.

Le syndrome de l'intestin irritable est un cadre diagnostique. Il se définit par une douleur ou un inconfort abdominal récurrent, au moins trois jours par mois pendant trois mois, associé à au moins deux des trois éléments suivants : un lien avec la défécation, un changement de la fréquence des selles, un changement de leur forme. S'y ajoute le caractère gênant, c'est-à-dire que le symptôme pèse sur la vie quotidienne. C'est la cinquième version des critères de Rome, publiée en mai 2026 (Drossman et al., Gastroenterology, 2026). Aucun examen ne le confirme. On le retient sur la description des symptômes, après avoir écarté ce qui doit l'être.

Le SIBO est une anomalie mesurée dans un segment. Il ne se déduit pas de ce que raconte le patient, il se cherche par un examen.

D'où la relation entre les deux : une prolifération bactérienne dans le grêle peut produire des symptômes qui remplissent exactement les critères du SII. Chez cette personne, les deux termes sont vrais en même temps, et le SIBO décrit un mécanisme possible derrière un tableau qui s'appelle SII.

La réciproque ne tient pas. La majorité des personnes qui remplissent les critères du SII n'ont pas de test positif, et un test positif ne dit pas tout du reste : la sensibilité de la paroi intestinale, mesurée au barostat dès 1995 et décrite comme un marqueur du syndrome (Mertz et al., Gastroenterology, 1995), ne disparaît pas parce qu'on a trouvé des bactéries en excès.

Les symptômes du SIBO et ceux du SII se distinguent-ils ?

Les deux listes de symptômes se recouvrent presque entièrement.

La mise au point de l'association américaine de gastro-entérologie le dit en une ligne : les symptômes traditionnellement associés au SIBO sont le ballonnement, la diarrhée et la douleur ou l'inconfort abdominal (Quigley et al., Gastroenterology, 2020). Ce sont aussi ceux du syndrome de l'intestin irritable.

Ce qui circule comme signes distinctifs, un ballonnement qui arrive très vite après le repas, une association avec du reflux, relève de l'observation clinique. Ces indices peuvent orienter un praticien vers l'examen, ils ne permettent pas de conclure chez soi.

Un élément a été étudié de plus près : dans les formes avec constipation, le méthane expiré est en moyenne plus élevé, et dans les formes avec diarrhée, ce sont l'hydrogène et l'hydrogène sulfuré (Villanueva-Millan et al., American Journal of Gastroenterology, 2022). L'étude compare des niveaux de gaz entre sous-types, sur des groupes de patients.

Combien de personnes qui ont un SII ont aussi un SIBO ?

Deux méta-analyses ont posé la question.

La première a réuni cinquante études et plus de huit mille patients atteints du syndrome de l'intestin irritable. La prévalence groupée d'un SIBO y est de 38 %, avec trois éléments associés à un test positif : être une femme, être plus âgé, et présenter une forme avec diarrhée (Chen et al., Journal of Gastroenterology, 2018).

La seconde a comparé patients et témoins. Sur vingt-cinq études, la probabilité d'avoir un SIBO est 3,7 fois plus élevée chez les patients. Les auteurs jugent la qualité globale des preuves faible, pour deux raisons qu'ils nomment : les critères de sélection des cas et des témoins ne sont pas uniformes d'une étude à l'autre, et les tests disponibles ont une sensibilité et une spécificité limitées (Shah et al., American Journal of Gastroenterology, 2020).

Comment se passe le test respiratoire du SIBO, et que mesure-t-il ?

Les bactéries qui fermentent des sucres produisent des gaz, dont de l'hydrogène et du méthane. Ces gaz passent dans le sang à travers la paroi intestinale, arrivent aux poumons et ressortent dans l'air expiré. On fait donc avaler un sucre, et on mesure ce qui sort.

En pratique : à jeun, on souffle une première fois pour obtenir la valeur de départ, on boit une solution sucrée, puis on souffle à intervalles réguliers pendant deux à trois heures. Le consensus nord-américain, qui a standardisé l'examen, retient deux sucres et deux doses : 10 grammes de lactulose, ou 75 grammes de glucose (Rezaie et al., American Journal of Gastroenterology, 2017). C'est un examen prescrit : il se demande à un médecin.

Les seuils viennent du même consensus. Une augmentation de l'hydrogène d'au moins 20 ppm par rapport à la valeur de départ, dans les 90 premières minutes, est considérée comme positive pour un SIBO. Pour le méthane, c'est un niveau d'au moins 10 ppm à n'importe quel moment du test. Le consensus précise aussi que ce test n'est pas valable pour évaluer le temps de transit de la bouche au côlon.

Ce test mesure donc des gaz, c'est-à-dire l'activité d'une fermentation, sans compter les bactéries ni dire lesquelles. Cette mesure est non invasive et peu coûteuse, ce qui explique qu'elle se soit imposée face à une aspiration duodénale, qui demande une endoscopie.

Pourquoi deux tests peuvent-ils donner deux réponses ?

Parce que le résultat dépend du sucre avalé.

Le glucose est absorbé très haut dans l'intestin grêle. S'il fermente, c'est que des bactéries sont là où elles ne devraient pas être. Le lactulose, lui, n'est pas absorbé du tout : il traverse le grêle et finit dans le côlon, où sa flore le fermente. Une montée d'hydrogène après du lactulose peut donc signifier une prolifération dans le grêle, ou simplement l'arrivée normale du lactulose dans le côlon (Mion, POST'U 2022).

Une série lyonnaise présentée en 2023 a mesuré la positivité des deux tests chez 287 patients atteints du syndrome de l'intestin irritable, 155 testés au glucose et 132 au lactulose. Ce sont deux groupes de patients, et non les mêmes personnes passant les deux examens. Au seuil de 20 ppm, le test au lactulose ressortait positif chez 47 % d'entre eux, celui au glucose chez 4,5 %, soit une positivité jusqu'à dix fois supérieure selon le sucre utilisé. Les auteurs en concluent que les deux tests ne sont pas équivalents pour ce diagnostic. La méta-analyse internationale observe le même phénomène (Shah et al., 2020).

Deux autres limites sont documentées. Un transit rapide produit des faux positifs : si le contenu intestinal file vers le côlon, le gaz colique apparaît tôt et se lit comme un gaz de grêle, ce qui est décrit en particulier après un bypass gastrique (Mion, POST'U 2022). Et la concordance avec la culture est médiocre : chez 139 personnes ayant eu les deux examens, la culture duodénale était positive dans 44,6 % des cas contre 27,3 % pour le test respiratoire au glucose, dont les auteurs concluent qu'il a une sensibilité plus faible mais une bonne spécificité (Erdogan et al., Neurogastroenterology & Motility, 2015).

Que disent les sociétés savantes de ce test ?

Elles ne dressent pas le même tableau, ce qui explique qu'un médecin propose le test et qu'un autre le juge inutile.

Le collège américain de gastro-entérologie propose de tester : ses recommandations de 2020 suggèrent le test respiratoire chez les patients atteints du syndrome de l'intestin irritable, chez les patients symptomatiques suspects d'un trouble de la motricité et chez les patients symptomatiques ayant eu une chirurgie du tube digestif, plus la recherche du méthane chez les patients symptomatiques avec constipation. Elles déconseillent le test chez les personnes sans symptômes qui prennent des inhibiteurs de la pompe à protons. Ces cinq recommandations de diagnostic sont toutes conditionnelles, avec un niveau de preuve très faible (Pimentel et al., 2020).

L'association américaine de gastro-entérologie est plus réservée. Sa mise au point de la même année écrit que la définition du SIBO comme entité clinique « manque de précision et de cohérence », et qu'une « controverse persiste » sur son rôle dans la genèse des symptômes fonctionnels courants, dont ceux qu'on range dans le syndrome de l'intestin irritable (Quigley et al., 2020).

Du côté français, la mise au point de formation médicale continue de 2022 tient cette relation pour « très incertaine », malgré la fréquence des tests dans cette population (Mion, POST'U 2022).

La conséquence pratique : un résultat de test respiratoire se lit comme un élément du dossier, avec le sucre et le seuil qui ont servi à l'obtenir.

Le test de SIBO est-il remboursé, et où le faire ?

En France. Le test respiratoire figure dans la classification commune des actes médicaux, sous l'intitulé « mesure de la production respiratoire d'hydrogène », avec une base de remboursement d'un peu plus de 22 euros. C'est donc un acte prescrit : il se demande à un médecin, qui juge de son intérêt. Nous n'avons pas trouvé d'acte équivalent pour le méthane, qui resterait alors à la charge du patient, alors que c'est lui qu'on cherche dans les formes avec constipation. Ce qui reste à payer dépend ensuite de votre complémentaire santé, et se vérifie avant de programmer l'examen. Le lieu où le faire est une question à poser au médecin qui prescrit.

En Belgique. Nous n'avons trouvé ni source officielle de la nomenclature sur la prise en charge de cet examen, ni source institutionnelle sur les endroits où il se pratique. Le remboursement se vérifie auprès de la mutualité avant de programmer l'examen, et la prescription se discute avec son médecin.

Dans les deux pays, le sucre, le seuil et la durée retenus varient d'un centre à l'autre, ce qui est la raison d'être du consensus nord-américain (Rezaie et al., 2017). Demander lesquels ont servi aide à lire son propre résultat.

Qu'est-ce qui favorise une prolifération dans le grêle ?

Quatre situations reviennent dans les sources. Une chirurgie du tube digestif, quand le montage laisse une portion d'intestin peu parcourue, une anse borgne, où les bactéries stagnent : les recommandations américaines placent d'ailleurs les patients opérés et symptomatiques parmi ceux qu'on peut tester (Pimentel et al., 2020 ; Mion, POST'U 2022). Un balayage du grêle ralenti : entre les repas, des vagues de contraction chassent le contenu du grêle vers l'aval, et chez des patients dont le test respiratoire au lactulose était anormal, la phase la plus puissante de ce balayage était moins fréquente que chez les autres (Pimentel et al., Digestive Diseases and Sciences, 2002), ce qui est une raison de regarder la vitesse du transit pour elle-même. Une acidité gastrique durablement freinée, l'acide de l'estomac limitant le passage des bactéries vers le grêle (Mion, POST'U 2022), sans que la prise d'inhibiteurs de la pompe à protons ressorte pour autant dans la méta-analyse de cinquante études (Chen et al., 2018). Et un épisode infectieux passé : après une gastro-entérite, le risque de développer un syndrome de l'intestin irritable est multiplié par 4,2 dans les douze mois (Klem et al., Gastroenterology, 2017), une étude qui porte sur le syndrome et non sur le SIBO, le lien entre les deux restant une hypothèse mécanistique.

Quel traitement quand le test de SIBO est positif ?

Trois choses, et elles appartiennent au médecin. La mise au point américaine place en tête l'identification et la correction, quand elle est possible, de ce qui a permis la prolifération (Quigley et al., 2020). Les recommandations américaines suggèrent ensuite un antibiotique chez les patients symptomatiques (Pimentel et al., 2020). La molécule évaluée dans deux essais de phase 3 est la rifaximine, très peu absorbée par l'organisme, avec un soulagement chez environ 41 % des patients contre 31 à 32 % sous placebo, dans des essais menés sur le syndrome de l'intestin irritable sans constipation et non sur des patients à test positif (Pimentel et al., New England Journal of Medicine, 2011). En France, cet antibiotique n'était pas disponible dans cette indication en 2022 (Mion, POST'U 2022). Reste la récidive : les données pour guider une stratégie antibiotique sont limitées, et la pratique reste largement empirique (Quigley et al., 2020).

Les probiotiques, souvent évoqués dans le même mouvement, se raisonnent souche par souche : nous avons rassemblé ce que les souches étudiées changent aux ballonnements.

Que se passe-t-il dans le côlon, et que montre une analyse de selles ?

Le côlon prend le relais du grêle. Ce qui n'a pas été absorbé plus haut y arrive, et sa flore le fermente : c'est ce qui se passe avec le lactulose du test respiratoire (Mion, POST'U 2022). Les glucides y sont fermentés en acides gras à chaîne courte, et quand ils viennent à manquer, les bactéries se tournent vers les protéines, surtout dans la dernière partie du côlon (Windey et al., Molecular Nutrition & Food Research, 2012).

La flore du côlon n'est pas celle du grêle. Une équipe a séquencé les contenus de plusieurs segments du grêle et les selles des mêmes personnes : plus de deux mille unités taxonomiques séparaient le microbiote du grêle de celui des selles, et le microbiote du grêle variait aussi d'un segment à l'autre (Leite et al., Digestive Diseases and Sciences, 2020). Une analyse de selles décrit donc la flore du côlon, celle qui fermente ce qui n'a pas été absorbé plus haut.

Ce qu'elle lit rejoint en partie ce que mesure le souffle. Chez des personnes vivant avec un intestin irritable, un méthane expiré plus élevé allait avec davantage de micro-organismes producteurs de méthane dans les selles, surtout Methanobrevibacter, et un hydrogène sulfuré plus élevé avec davantage de Fusobacterium et de Desulfovibrio (Villanueva-Millan et al., 2022). Ces correspondances ont été observées sur des groupes de patients, et les profils de flore différaient d'un sous-type à l'autre : deux personnes au même diagnostic ne partent pas forcément de la même flore.

Notre article sur les bactéries intestinales et leur rôle détaille ce que ces familles font au quotidien.

Ce que votre analyse vous apprend

Le test respiratoire répond à une question sur le grêle. Votre analyse décrit le côlon, où vit la flore qui fermente ce qui n'a pas été absorbé plus haut.

L'analyse du microbiote intestinal de Symp part d'un prélèvement de selles réalisé chez vous et lu par séquençage 16S en laboratoire. Votre rapport arrive dans votre espace client, chaque marqueur expliqué en français courant.

Votre point de départ. La diversité de la flore de votre côlon et la part de chaque famille, telles qu'elles sont chez vous aujourd'hui.

Ce qui protège. Vos familles de protection, dont Faecalibacterium prausnitzii, une bactérie productrice de butyrate décrite comme anti-inflammatoire (Sokol et al., PNAS, 2008).

Ce qui fermente. Vos familles de fermentation, celles qui transforment les glucides et les protéines qui arrivent dans le côlon.

Le terrain inflammatoire. Les familles associées à un terrain inflammatoire, et leur part dans votre flore.

Votre plan d'action. Des recommandations sur l'alimentation et les compléments alimentaires utiles dans votre cas, classées par ordre de priorité. Notre comité scientifique encadre l'interprétation.

Un avant / après. Refaire l'analyse après quelques mois de changements permet de comparer deux profils mesurés de la même façon, et de voir ce qui a bougé.

Un rapport à apporter à votre praticien. Votre médecin ou votre gastro-entérologue peut lire les mêmes données que vous, à côté des examens qu'il a prescrits.

Symp ne pose pas de diagnostic et ne remplace pas une consultation médicale.

FAQ

Quelle est la différence entre le SII et le SIBO ?

Le syndrome de l'intestin irritable se définit par des symptômes, dans le cadre international des critères de Rome, et aucun examen ne le confirme. Le SIBO désigne un excès de bactéries dans l'intestin grêle, et il se cherche par un examen. Une prolifération dans le grêle peut produire des symptômes qui remplissent les critères du syndrome : les deux termes peuvent donc être vrais chez la même personne.

Comment savoir si on a un SIBO ?

Par un test respiratoire, à l'hydrogène et au méthane, après ingestion de glucose ou de lactulose, prescrit par un médecin. Une montée de l'hydrogène d'au moins 20 ppm par rapport à la valeur de départ dans les 90 premières minutes est considérée comme positive (Rezaie et al., 2017). Les symptômes seuls ne permettent pas de trancher : ils recouvrent presque entièrement ceux du syndrome de l'intestin irritable.

Le test respiratoire du SIBO est-il fiable ?

Il est non invasif et standardisé, et il mesure des gaz plutôt qu'un nombre de bactéries. Son résultat dépend du sucre utilisé, un transit rapide produit des faux positifs, et sa concordance avec la culture du liquide duodénal est médiocre (Erdogan et al., 2015). Les auteurs des méta-analyses qualifient eux-mêmes la qualité des preuves de faible (Shah et al., 2020).

Le test SIBO est-il remboursé ?

En France, la classification commune des actes médicaux comporte un acte de mesure de la production respiratoire d'hydrogène, avec une base de remboursement d'un peu plus de 22 euros. C'est donc un acte prescrit par un médecin. Nous n'avons pas trouvé d'acte équivalent pour le méthane. Ce qui reste à payer dépend ensuite de votre complémentaire santé. Pour la Belgique, le remboursement se vérifie auprès de la mutualité avant l'examen.

Que montre une analyse de selles, à côté du test respiratoire ?

Elle décrit la flore du côlon : sa diversité, ses familles de protection et de fermentation. Le grêle et les selles hébergent des écosystèmes nettement différents (Leite et al., 2020) : la recherche d'une prolifération dans le grêle passe par le test respiratoire, prescrit par un médecin (Rezaie et al., 2017).