En bref

La dysbiose intestinale désigne un déséquilibre de la flore qui vit dans votre côlon : moins d'espèces différentes, des familles de bactéries protectrices en retrait, d'autres qui prennent plus de place. Le mot recouvre des situations très variées d'une personne à l'autre, et c'est justement pour cela qu'il vaut la peine de regarder sa propre flore plutôt que de deviner.

• Définition : une composition qui s'écarte de celle qu'on observe chez des personnes en bonne santé.
• Point de départ : il n'existe pas un microbiote type, chacun part d'une flore qui lui est propre.
• Symptômes : ballonnements, gaz, transit qui varie, inconfort après les repas.
• Lien avec le syndrome de l'intestin irritable : deux profils de flore ont été décrits chez les personnes concernées.
• Causes : antibiotiques, alimentation, transit et médicaments.
• Fermentation : ce que les bactéries font des glucides et des protéines qui arrivent jusqu'à elles.
• Comment savoir : un séquençage des selles montre la diversité de votre flore et la part de chaque famille.

Qu'est-ce que la dysbiose intestinale ?

Le mot associe le préfixe « dys », qui marque un dérèglement, à « symbiose », la vie en commun. La définition de la dysbiose la plus courante décrit une flore dont la composition s'écarte de celle de personnes en bonne santé, avec trois traits qui reviennent : une diversité plus basse, des familles de protection en retrait, et des familles opportunistes plus présentes.

Les chercheurs en ont publié un grand nombre de formulations (Hooks et O'Malley, mBio, 2017), parce que ces trois traits se combinent différemment chez chacun. Deux dysbioses ne se ressemblent donc pas forcément, et la question utile devient : à quoi ressemble la vôtre ?

Existe-t-il un microbiote type ?

Deux grandes cohortes, l'une belge (1 106 personnes) et l'autre néerlandaise (1 135 personnes), ont été séquencées puis croisées avec des questionnaires détaillés. Sur 664 genres bactériens identifiés, quatorze seulement étaient partagés par la quasi-totalité des participants. Soixante-neuf variables de la vie courante s'associaient à la composition de la flore : les médicaments en expliquaient la plus grande part, et la consistance des selles avait l'effet le plus marqué (Falony et al., Science, 2016).

Ce point de départ propre à chacun change la façon dont la flore réagit. Dans un essai mené sur 174 jeunes adultes pendant deux semaines, la même fibre, un amidon résistant de pomme de terre, faisait monter les bifidobactéries chez la majorité des participants. Ceux dont la flore répondait par d'autres espèces, comme Ruminococcus bromii, atteignaient un taux de butyrate plus élevé, surtout quand leur flore contenait déjà Eubacterium rectale, une bactérie productrice de butyrate (Baxter et al., mBio, 2019).

Deux personnes qui mangent la même chose n'obtiennent donc pas forcément le même résultat, parce qu'elles ne partent pas des mêmes bactéries. Notre article sur les bactéries intestinales et leur rôle détaille ce que ces familles font au quotidien.

Quels sont les symptômes d'une dysbiose intestinale ?

Les symptômes de dysbiose intestinale les plus cités sont digestifs : ballonnements, gaz, ventre qui gonfle au fil de la journée, transit qui alterne entre diarrhée et constipation, douleurs ou inconfort abdominal. La fatigue revient souvent dans les listes. Ces signes sont réels, et ils amènent à juste titre à s'intéresser à sa flore.

Ils orientent vers la flore sans dire quelle famille est en jeu. Deux personnes qui décrivent le même ventre gonflé n'ont pas forcément la même flore, comme le montre l'étude présentée dans la section suivante. Une analyse de la composition permet de les distinguer.

Du sang dans les selles, une perte de poids inexpliquée, de la fièvre ou des symptômes digestifs nouveaux après 50 ans demandent de consulter un médecin sans attendre.

Dysbiose et intestin irritable : que montre la recherche ?

Une revue systématique a rassemblé vingt-quatre études qui comparent la flore de personnes vivant avec un syndrome de l'intestin irritable à celle de personnes sans trouble digestif. Certaines familles reviennent plus présentes chez les premières : les Enterobacteriaceae, les Lactobacillaceae et le genre Bacteroides. D'autres reviennent moins présentes : le genre Faecalibacterium, dont Faecalibacterium prausnitzii, le genre Bifidobacterium et des Clostridiales non cultivées. Selon les études, la diversité y est plus basse ou comparable (Pittayanon et al., Gastroenterology, 2019).

Une équipe de Cambridge a ensuite séquencé la flore de 56 personnes concernées et de 56 proches vivant sous le même toit. Elle a distingué deux profils : chez une partie des participants, la flore s'éloignait nettement de celle des proches, chez les autres elle en restait voisine. Les deux groupes n'ont pas répondu de la même façon à un régime pauvre en FODMAP, et la réponse était plus marquée dans le groupe dont la flore s'écartait le plus (Vervier et al., Gut, 2022).

Avec les mêmes symptômes, on peut donc partir de flores différentes et ne pas répondre de la même façon au même régime.

Quelles sont les causes d'une dysbiose ?

Quatre facteurs façonnent la flore, et chacun a été mesuré.

Les antibiotiques. Douze hommes en bonne santé ont reçu pendant quatre jours une association de trois antibiotiques, puis ont été suivis six mois. Juste après le traitement, les entérobactéries augmentaient, et les bifidobactéries et les bactéries productrices de butyrate chutaient. La flore est revenue près de son état de départ en un mois et demi, mais neuf espèces communes, présentes chez tous avant le traitement, restaient indétectables chez la plupart d'entre eux au bout de cent quatre-vingts jours (Palleja et al., Nature Microbiology, 2018). Ce protocole associait des antibiotiques de dernier recours, plus lourds qu'une cure de ville.

L'alimentation. Des volontaires ont suivi, sur une courte durée, une alimentation entièrement animale ou entièrement végétale. Le changement a rapidement modifié la structure de leur flore : l'alimentation animale a fait monter les bactéries qui tolèrent la bile et baisser celles qui dégradent les fibres végétales (David et al., Nature, 2014). Nous avons rassemblé les aliments qui nourrissent la flore intestinale dans un article à part.

Le transit. Chez 53 femmes en bonne santé, des selles plus liquides allaient avec une flore moins riche en espèces (Vandeputte et al., Gut, 2016). Dans les grandes cohortes citées plus haut, la consistance des selles était la variable dont l'effet sur la composition était le plus fort (Falony et al., 2016). Le transit et la flore évoluent donc ensemble.

Les médicaments. Dans ces mêmes cohortes, ce sont eux qui expliquaient la plus grande part des différences de flore d'une personne à l'autre (Falony et al., 2016).

Dysbiose de fermentation, dysbiose de putréfaction : que font les bactéries des glucides et des protéines ?

Ces deux expressions, courantes en médecine fonctionnelle, désignent les deux grandes voies par lesquelles les bactéries du côlon transforment ce qui n'a pas été digéré plus haut.

Les glucides d'abord. Les fibres et les sucres qui arrivent dans le côlon sont fermentés par les bactéries. Cette fermentation produit des acides gras à chaîne courte (Windey et al., Molecular Nutrition & Food Research, 2012), dont le butyrate (Baxter et al., 2019), et des gaz, dont l'hydrogène (Major et al., Gastroenterology, 2017).

Les protéines ensuite. Quand les glucides viennent à manquer, surtout dans la dernière partie du côlon, les bactéries se tournent vers les protéines. Cette fermentation, qu'on appelle aussi putréfaction, produit d'autres composés : ammoniac, amines, phénols et sulfures. Leurs effets sur la paroi intestinale ont surtout été étudiés en laboratoire jusqu'ici (Windey et al., 2012).

L'équilibre entre ces deux voies dépend de ce que vous mangez et des familles présentes dans votre flore. C'est pour cela que le rapport Symp décrit vos familles de fermentation.

Comment savoir si votre flore est déséquilibrée ?

Un séquençage 16S lit, dans l'ADN des bactéries présentes dans vos selles, une portion d'un gène que toutes possèdent, celui de l'ARN ribosomique 16S, et s'en sert comme d'une carte d'identité (Johnson et al., Nature Communications, 2019).

À partir d'un seul prélèvement, il montre trois choses :

• la diversité de votre flore, c'est-à-dire le nombre de groupes bactériens différents qu'elle héberge,
• les familles présentes, des bactéries de protection aux bactéries de fermentation,
• la proportion de chacune, la part qu'elle occupe dans l'ensemble de votre flore.

Le prélèvement se fait chez vous, dans un tube dont le liquide stabilise l'ADN dès le recueil, puis part au laboratoire.

Comment rééquilibrer sa flore intestinale ?

L'alimentation, parce que son effet sur la composition apparaît rapidement (David et al., 2014). Ce qui compte est la quantité et la variété des fibres et des végétaux qui arrivent jusqu'aux bactéries du côlon. Comme la réponse à une même fibre dépend des espèces déjà en place (Baxter et al., 2019), connaître sa flore aide à choisir par où commencer.

Certaines souches de probiotiques, en raisonnant souche par souche, puisque ce sont des souches précises qui ont été étudiées. Nous avons rassemblé les souches étudiées dans l'intestin irritable, et nous expliquons comment les probiotiques influencent la flore intestinale.

Le temps. Après les antibiotiques, la flore se reconstitue en grande partie en quelques semaines, et certaines espèces mettent plus longtemps à revenir (Palleja et al., 2018). Les changements se jugent donc sur plusieurs mois.

Notre épisode de podcast sur ce qui abîme le microbiote intestinal, et comment le reconstruire reprend ces leviers un par un.

Ce que votre analyse vous apprend

L'analyse du microbiote intestinal de Symp part d'un prélèvement de selles réalisé chez vous et lu par séquençage 16S en laboratoire. Votre rapport arrive dans votre espace client, chaque marqueur expliqué en français courant.

Votre point de départ. La diversité de votre flore et la part de chaque famille, telles qu'elles sont chez vous aujourd'hui.

Ce qui protège. Vos familles de protection, dont Faecalibacterium prausnitzii, décrite comme une bactérie aux propriétés anti-inflammatoires (Sokol et al., PNAS, 2008).

Ce qui fermente. Vos familles de fermentation, celles qui transforment les glucides et les protéines décrits plus haut.

Le terrain inflammatoire. Les familles associées à un terrain inflammatoire, et leur part dans votre flore.

Votre plan d'action. Des recommandations sur l'alimentation et les compléments alimentaires utiles dans votre cas, classées par ordre de priorité. Notre comité scientifique encadre l'interprétation.

Un avant / après. Refaire l'analyse après quelques mois de changements permet de comparer deux profils mesurés de la même façon, et de voir ce qui a bougé.

Un rapport à apporter à votre praticien. Votre médecin, votre gastro-entérologue ou votre diététicien peut lire les mêmes données que vous et s'en servir dans votre suivi.

Symp ne pose pas de diagnostic et ne remplace pas une consultation médicale.

FAQ

Qu'est-ce que la dysbiose intestinale ?

C'est un déséquilibre de la flore intestinale : une diversité plus basse, des familles de bactéries protectrices en retrait et des familles opportunistes plus présentes. Le mot recouvre des situations variées, parce que ces traits se combinent différemment chez chacun (Hooks et O'Malley, mBio, 2017).

Quels sont les symptômes d'une dysbiose intestinale ?

Les plus cités sont des ballonnements, des gaz, un ventre qui gonfle après les repas, un transit qui alterne entre diarrhée et constipation, et un inconfort abdominal. Ils orientent vers la flore. Chez des personnes vivant avec un intestin irritable, deux profils de flore différents ont été décrits derrière des symptômes comparables (Vervier et al., Gut, 2022).

Comment savoir si on a une dysbiose ?

Par un séquençage des selles, réalisé à partir d'un prélèvement fait chez soi. Le séquençage 16S montre la diversité de la flore, les familles présentes et la part de chacune (Johnson et al., Nature Communications, 2019).

Qu'est-ce que la dysbiose de fermentation et la dysbiose de putréfaction ?

Ces expressions désignent les deux voies par lesquelles les bactéries du côlon transforment ce qui n'a pas été digéré. La fermentation des glucides produit des acides gras à chaîne courte et des gaz. Quand les glucides manquent, les bactéries fermentent les protéines, ce qui produit ammoniac, amines, phénols et sulfures (Windey et al., Molecular Nutrition & Food Research, 2012).

Combien de temps faut-il pour rééquilibrer sa flore après des antibiotiques ?

Dans un essai, la flore de douze hommes en bonne santé est revenue près de son état de départ en un mois et demi après quatre jours d'antibiotiques de dernier recours, et neuf espèces communes restaient indétectables chez la plupart d'entre eux six mois plus tard (Palleja et al., Nature Microbiology, 2018).