En bref

Vous avez lu trois listes d'aliments bons pour le microbiote, acheté du kéfir et un paquet de graines de lin, doublé les lentilles au dîner. Deux semaines plus tard, votre ventre gonfle plus qu'avant et le kéfir finit au fond du frigo. Cette situation revient souvent : les aliments qui nourrissent les bactéries du côlon leur fournissent aussi de quoi fermenter.

Si vous vivez avec le syndrome de l'intestin irritable, la question se pose donc en deux temps : quels aliments ont un effet mesuré sur la composition du microbiote, et à quel rythme les introduire pour que votre intestin suive. Une troisième s'y ajoute, parce que plusieurs essais la mesurent : la réponse à un même aliment dépend des bactéries déjà présentes chez vous.

Cinq familles d'aliments ont été testées chez l'humain sur la composition du microbiote.

• Fibres fermentescibles, ou aliments prébiotiques (ail, oignon, poireau, artichaut, légumineuses, seigle, avoine) : les fructanes et les galacto-oligosaccharides font monter les bifidobactéries et les lactobacilles.
• Polyphénols (fruits rouges, cacao peu sucré, thé vert, huile d'olive vierge, noix) : deux essais croisés courts font monter les bifidobactéries.
• Aliments fermentés (yaourt et lait fermenté, kéfir, choucroute crue, kimchi, miso, tempeh) : dans un essai à deux bras, la diversité microbienne augmente de façon régulière.
• Amidon résistant (légumineuses, banane peu mûre, avoine, féculents cuits puis refroidis) : la hausse du butyrate dépend des espèces déjà présentes chez vous.
• Oméga-3 (sardine, maquereau, hareng, noix, graines de lin moulues) : un supplément d'EPA et de DHA fait monter plusieurs genres producteurs d'acides gras à chaîne courte.

Une règle de rythme vaut pour les cinq : une famille à la fois, sur plusieurs semaines, en notant ce que votre ventre en fait.

Qu'est-ce qu'un aliment qui nourrit la flore intestinale ?

L'expression recouvre trois choses qui n'ont pas le même mécanisme.

Un substrat. Les fibres fermentescibles et l'amidon résistant traversent l'intestin grêle sans être absorbés, et les bactéries du côlon les dégradent. Cette dégradation produit des acides gras à chaîne courte, dont le butyrate. Deux chercheurs de Stanford ont proposé pour ces glucides le nom de glucides accessibles au microbiote, et fait l'hypothèse que leur rareté dans l'alimentation occidentale explique une partie des différences de composition observées avec les populations à mode de vie traditionnel (Sonnenburg et Sonnenburg, Cell Metabolism, 2014).

Des micro-organismes vivants. Les aliments fermentés apportent des bactéries et des levures qui traversent le tube digestif.

Des composés qui modifient l'environnement. Les flavanols du cacao sont peu absorbés dans le grêle : l'essentiel atteint le côlon, où les bactéries les transforment (Tzounis et al., American Journal of Clinical Nutrition, 2011).

Ces trois voies agissent sur le même écosystème. Ce que font les bactéries intestinales fait l'objet d'un article à part.

La variété compte-t-elle plus que la quantité ?

Le projet American Gut a séquencé les selles de plus de dix mille participants volontaires, aux États-Unis, au Royaume-Uni et en Australie, avec un questionnaire alimentaire détaillé. Le résultat qui intéresse l'assiette porte sur le nombre d'espèces végétales différentes consommées : ce sont les végétaux comptés, et non les catégories déclarées comme « végétalien » ou « omnivore », qui suivent la diversité microbienne (McDonald et al., mSystems, 2018).

Les auteurs ont comparé les participants qui déclaraient plus de trente végétaux différents par semaine à ceux qui en déclaraient dix ou moins. Le premier groupe portait moins de gènes de résistance aux aminoglycosides et au chloramphénicol, et davantage de bactéries qui fermentent les fibres en acides gras à chaîne courte, dont Faecalibacterium prausnitzii et le genre Oscillospira. C'est une cohorte de volontaires, avec une alimentation déclarée : elle établit une association, et trente est la borne haute des groupes comparés, pas un objectif testé dans un essai.

Ce qui en reste utilisable : compter les végétaux différents sur une semaine plutôt que les portions. Une salade qui change de composition chaque jour, des légumineuses en rotation, des herbes fraîches, deux sortes de noix. Notre article sur comment améliorer son microbiote au quotidien replace ce repère parmi les autres leviers.

Les fibres fermentescibles, ou aliments prébiotiques : lesquelles, et quel effet mesuré ?

Les aliments concernés : ail, oignon, échalote, poireau, asperge, artichaut, topinambour, chicorée, banane peu mûre, légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots), seigle, avoine, orge.

Une méta-analyse a réuni 64 essais randomisés et 2 099 adultes en bonne santé. Une intervention par les fibres augmente l'abondance fécale des bifidobactéries et des lactobacilles, ainsi que la concentration fécale de butyrate. L'effet le plus net vient de deux familles précises, les fructanes et les galacto-oligosaccharides, et il porte sur ces deux genres bactériens plutôt que sur la diversité globale (So et al., American Journal of Clinical Nutrition, 2018).

La référence française de consommation est de 30 g de fibres par jour chez l'adulte (Anses, 2016). Nous avons consacré un article à la tendance à maximiser les fibres, aux types de fibres et à ce qui décide de leur tolérance.

Un point de vigilance : les fructanes et les galacto-oligosaccharides sont aussi des FODMAP.

Les polyphénols : dans quels aliments, et que montrent les essais ?

Les aliments concernés : fruits rouges (myrtille, cassis, mûre, framboise), raisin, pomme, cacao peu sucré, thé vert, café, huile d'olive vierge, noix, herbes et épices.

Deux essais croisés ont mesuré l'effet de polyphénols alimentaires sur la composition du microbiote.

Le premier a donné à 22 volontaires en bonne santé, en double aveugle et en croisé, une boisson riche en flavanols de cacao ou une boisson pauvre, pendant quatre semaines. La boisson riche a augmenté les populations de bifidobactéries et de lactobacilles, et diminué les clostridies. En parallèle, les triglycérides plasmatiques et la protéine C réactive ont baissé (Tzounis et al., 2011).

Le second a comparé, sur six semaines et en croisé, une boisson à base de myrtille sauvage à une boisson placebo. Les bifidobactéries n'ont augmenté qu'après la myrtille. Lactobacillus acidophilus a augmenté après les deux boissons, et les quatre autres groupes mesurés n'ont pas bougé (Vendrame et al., Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2011).

Ces deux essais portent sur des volontaires en bonne santé et sur des boissons standardisées : ils indiquent une direction commune. Un avantage pratique : les polyphénols n'apportent pas de substrat fermentescible en quantité comparable aux fibres prébiotiques, ce qui en fait une entrée raisonnable quand le ventre réagit à tout.

Les aliments fermentés : lesquels, et que change leur consommation régulière ?

Les aliments concernés : yaourt et lait fermenté, kéfir de lait ou de fruit, choucroute et légumes lactofermentés non pasteurisés, kimchi, miso, tempeh, kombucha.

Un essai mené à Stanford a tiré au sort des adultes en bonne santé entre deux alimentations, l'une riche en fibres végétales, l'autre riche en aliments fermentés, à raison de dix-huit personnes par bras, pendant dix semaines de régime assigné (dix-sept semaines d'essai en tout). Le bras aliments fermentés a vu sa diversité microbienne augmenter de façon régulière, et plusieurs marqueurs inflammatoires baisser. Le bras fibres a vu augmenter les enzymes bactériennes qui dégradent les glycanes, à diversité stable. Le critère principal de l'essai, un score de réponse cytokinique, n'a pas bougé. Dans le bras fibres, trois réponses immunitaires distinctes se sont dessinées, qui correspondaient à la diversité du microbiote au départ : le même régime a donné trois réponses différentes selon le point de départ des participants (Wastyk et al., Cell, 2021).

Un aliment fermenté et un probiotique sont deux objets différents. Un essai sur un probiotique mesure l'effet d'une souche identifiée par son numéro, alors que la composition d'un bocal de choucroute varie d'un lot à l'autre. Les souches de probiotiques étudiées dans le syndrome de l'intestin irritable sont présentées dans un autre article.

Les micro-organismes avalés ne s'installent pas de la même façon chez tout le monde. Un essai israélien a donné à des volontaires en bonne santé une association de onze souches en gélule, ou un placebo, avec des prélèvements de muqueuse par endoscopie : la colonisation de la muqueuse était propre à la personne, à la région de l'intestin et à la souche, et elle dépendait du microbiote déjà en place (Zmora et al., Cell, 2018).

En pratique, un produit pasteurisé après fermentation n'apporte plus de micro-organismes vivants, ce qui est le cas de la plupart des choucroutes en conserve : le rayon frais et la mention des ferments vivants sont les deux indices à regarder. Et une petite portion quotidienne se tolère plus facilement qu'une grande portion le dimanche.

L'amidon résistant : dans quels aliments, et que montre l'essai ?

L'amidon résistant échappe à la digestion dans l'intestin grêle et fermente dans le côlon. On le trouve dans les légumineuses, la banane peu mûre, l'avoine, et dans les féculents cuits puis refroidis (riz, pommes de terre, pâtes).

Un essai a suivi 174 jeunes adultes en bonne santé pendant deux semaines, répartis en quatre bras : amidon résistant de pomme de terre, amidon résistant de maïs, inuline de chicorée, et un amidon de maïs digestible en comparateur. L'amidon résistant de pomme de terre a donné la plus forte hausse des acides gras à chaîne courte, butyrate compris (Baxter et al., mBio, 2019).

Le résultat le plus utile de cet essai est ailleurs que dans le classement des quatre bras. La hausse du butyrate n'a pas été la même chez tous. Elle a été plus forte chez les personnes dont le microbiote a répondu par une augmentation de Ruminococcus bromii ou de Clostridium chartatabidum, et plus forte encore quand Eubacterium rectale, une espèce productrice de butyrate, était déjà bien installée. Le même aliment a donc produit un effet différent selon les espèces déjà en place.

L'essai a utilisé un amidon résistant isolé, en poudre : la quantité que produit le refroidissement d'un féculent dans votre cuisine ne se déduit pas de ces bras d'essai.

Les oméga-3 : dans quels aliments, et que montre l'essai ?

Les aliments concernés : poissons gras (sardine, maquereau, hareng, anchois, saumon), noix, graines de lin et de chia moulues, huile de colza.

Un essai randomisé croisé a suivi 22 adultes d'âge moyen en bonne santé pendant huit semaines de supplémentation en EPA et DHA, sous deux formes différentes, séparées par une période de sevrage de douze semaines. Plusieurs genres ont augmenté, dont Bifidobacterium, Roseburia et Lactobacillus, qui produisent des acides gras à chaîne courte, et cette hausse s'est effacée à l'arrêt de la supplémentation (Watson et al., Gut, 2018).

L'essai portait sur un supplément, pas sur du poisson : ce qu'apporte une sardine ne s'y ramène pas.

Pourquoi ces mêmes aliments réveillent-ils certains ventres ?

Le substrat qui fait monter les bifidobactéries dans les essais cités plus haut est aussi celui que les bactéries fermentent en gaz.

L'inuline en est un exemple. C'est un fructane, donc la famille de fibres que la méta-analyse de So désigne comme la plus efficace sur les bifidobactéries. Mesurée par IRM chez 16 volontaires sains, elle augmente fortement le volume de gaz colique (Murray et al., American Journal of Gastroenterology, 2014). Chez 29 patients atteints du syndrome de l'intestin irritable comparés à 29 témoins, elle a déclenché des symptômes chez treize patients sur vingt-neuf, alors que la production de gaz et l'hydrogène expiré des deux groupes ne différaient pas (Major et al., Gastroenterology, 2017). Ce qui distingue les deux groupes, c'est la perception de la distension, pas la quantité de gaz.

Une liste d'aliments bons pour le microbiote décrit ce que les bactéries reçoivent, pas ce que votre intestin en perçoit. Les trois mécanismes par lesquels un aliment irrite un côlon sensible, fermentation, appel d'eau et sensibilité de la paroi, sont détaillés dans notre article sur les aliments qui irritent le côlon.

Dans quel ordre introduire ces cinq familles ?

Les cinq familles n'apportent pas la même charge fermentescible, ce qui donne un ordre de passage.

1. Une famille à la fois, sur plusieurs semaines. Un changement simultané sur les cinq rend impossible de savoir laquelle votre ventre supporte mal.
2. Commencer par celles qui fermentent le moins. Les polyphénols entrent dans cette catégorie. Les oméga-3 aussi, avec une nuance : ils arrivent par des aliments gras, et la perfusion de lipides dans le duodénum abaisse les seuils d'inconfort et de douleur du côlon chez les patients, pas chez les témoins (Simrén et al., Clinical Gastroenterology and Hepatology, 2007). La portion compte donc.
3. Augmenter les fibres fermentescibles en dernier, par petits paliers. C'est la famille dont la fermentation en gaz a été mesurée, avec l'inuline (Murray et al., 2014).
4. Noter ce que vous avez introduit, en quelle quantité, et quand la gêne est arrivée. C'est ce qui permet de rattacher un symptôme à une famille précise.
5. Réessayer à plus petite dose avant de conclure. Une famille écartée sur un seul essai sort de l'assiette pour longtemps.

Votre point de départ compte dans la réponse. Un essai croisé en double aveugle chez 34 participants a montré que la réponse du microbiote à un prébiotique de type fructane est plus large chez les personnes qui consomment déjà beaucoup de fibres (Healey et al., British Journal of Nutrition, 2018). Deux personnes qui ajoutent le même artichaut ne partent pas du même endroit.

Faut-il retirer avant d'ajouter ?

La question revient quand le ventre réagit à presque tout. Le régime pauvre en FODMAP est la restriction la plus étudiée, et son effet sur le microbiote est documenté dans les deux sens.

Sous régime pauvre en FODMAP, les bifidobactéries reculent de façon constante dans 9 essais randomisés et 403 patients, sans que la diversité globale ni les acides gras à chaîne courte fécaux soient nettement modifiés (So et al., American Journal of Clinical Nutrition, 2022). C'est la famille que les fructanes, les galacto-oligosaccharides et les polyphénols font monter dans les essais cités plus haut.

Un essai croisé australien a comparé, chez 27 patients et 6 témoins, 21 jours d'alimentation pauvre en FODMAP à 21 jours d'alimentation australienne habituelle, avec les repas fournis. Sous le régime pauvre en FODMAP, le pH fécal était plus élevé, l'abondance bactérienne totale plus basse, et la diversité microbienne plus grande. Par rapport à l'alimentation habituelle des participants, l'alimentation australienne augmentait la part des Clostridium du groupe XIVa, producteurs de butyrate, et d'Akkermansia muciniphila, associée au mucus (Halmos et al., Gut, 2015).

La teneur en FODMAP modifie donc le milieu du côlon dans les deux sens, ce qui justifie de traiter la restriction comme un temps de repérage. Les trois phases du protocole, restriction, réintroduction et personnalisation, sont détaillées dans notre article sur l'alimentation et l'intestin irritable (Whelan et al., Journal of Human Nutrition and Dietetics, 2018). La phase de personnalisation est le moment où les cinq familles de cet article reviennent dans l'assiette, une par une.

Ce que votre analyse vous apprend

Trois essais de cet article mesurent la même chose sous trois angles : la réponse à un aliment dépend des espèces déjà présentes (Baxter et al., 2019), de vos apports habituels en fibres (Healey et al., 2018) et de votre microbiote de départ (Zmora et al., 2018). Connaître votre flore, c'est connaître ce point de départ avant de changer d'assiette.

L'analyse du microbiote intestinal de Symp part d'un prélèvement de selles réalisé chez vous et lu par séquençage 16S en laboratoire. Votre rapport arrive dans votre espace client, chaque marqueur expliqué en français courant.

Votre point de départ. La diversité de votre flore et la part de chaque famille, telles qu'elles sont chez vous aujourd'hui.

Ce qui protège. Vos familles de protection, celles qui produisent le butyrate à partir des fibres, dont Faecalibacterium prausnitzii, décrite comme une bactérie aux propriétés anti-inflammatoires (Sokol et al., PNAS, 2008).

Ce qui fermente. Vos familles de fermentation, celles qui transforment les fibres et l'amidon résistant décrits plus haut.

Le terrain inflammatoire. Les familles associées à un terrain inflammatoire, et leur part dans votre flore.

Votre plan d'action. Des recommandations sur l'alimentation et les compléments alimentaires utiles dans votre cas, classées par ordre de priorité : de quoi choisir par quelle famille d'aliments commencer. Notre comité scientifique encadre l'interprétation.

Un avant / après. Refaire l'analyse après quelques mois de changements permet de comparer deux profils mesurés de la même façon, et de voir ce qui a bougé.

Un rapport à apporter à votre praticien. Votre médecin, votre gastro-entérologue ou votre diététicien peut lire les mêmes données que vous et s'en servir dans votre suivi.

Symp ne pose pas de diagnostic et ne remplace pas une consultation médicale.

FAQ

Quels aliments pour refaire sa flore intestinale ?

Cinq familles ont un effet mesuré chez l'humain sur la composition du microbiote : les fibres fermentescibles (ail, oignon, poireau, artichaut, légumineuses, seigle, avoine), les polyphénols (fruits rouges, cacao peu sucré, thé vert, huile d'olive vierge), les aliments fermentés (yaourt, kéfir, choucroute crue, kimchi, miso), l'amidon résistant (légumineuses, banane peu mûre, féculents cuits puis refroidis) et les oméga-3 (poissons gras, noix, graines de lin). La méta-analyse sur les fibres réunit 64 essais (So et al., 2018) ; pour les oméga-3, l'essai porte sur 22 personnes (Watson et al., 2018).

Les aliments fermentés remplacent-ils les probiotiques ?

Ce sont deux objets différents. Un essai sur un probiotique mesure l'effet d'une souche identifiée par son numéro, alors que la composition d'un bocal de légumes fermentés varie d'un lot à l'autre. Dans l'essai de Stanford, l'alimentation riche en aliments fermentés a augmenté la diversité microbienne de façon régulière sur dix semaines de régime assigné (Wastyk et al., Cell, 2021) : c'est un résultat sur un mode d'alimentation, pas sur une souche.

Faut-il manger trente végétaux différents par semaine ?

Ce chiffre vient d'American Gut, où les participants déclarant plus de trente végétaux différents par semaine portaient plus de bactéries productrices d'acides gras à chaîne courte que ceux qui en déclaraient dix ou moins (McDonald et al., mSystems, 2018). C'est une association observée chez des volontaires, et trente est la borne haute des groupes comparés. Le repère utile est de compter les végétaux différents plutôt que les portions.

Combien de temps avant de voir un changement dans le microbiote ?

Les essais cités ici mesurent des changements de composition après deux à dix semaines selon la famille : deux semaines pour l'amidon résistant, quatre pour les flavanols de cacao, six pour la myrtille, huit pour les oméga-3, dix semaines de régime assigné pour les aliments fermentés. Dans l'essai sur les oméga-3, la hausse des genres producteurs d'acides gras à chaîne courte a disparu à l'arrêt (Watson et al., Gut, 2018) : un changement se juge dans la durée. Refaire une analyse après quelques mois permet de comparer deux profils mesurés de la même façon.

Ces aliments conviennent-ils quand on a un intestin irritable ?

Ils demandent de la progressivité. Les fibres prébiotiques qui font monter les bifidobactéries sont aussi des FODMAP, et l'inuline a déclenché des symptômes chez treize patients sur vingt-neuf dans un essai où la production de gaz ne différait pas de celle des témoins (Major et al., Gastroenterology, 2017). Une famille à la fois, sur plusieurs semaines, en commençant par celles qui fermentent le moins.