Julien Scanzi est hépato-gastro-entérologue en Auvergne. Il exerce à l'hôpital de Thiers et au CHU de Clermont-Ferrand, il pratique des endoscopies, il suit des patients atteints de maladies inflammatoires de l'intestin, et il travaille depuis une dizaine d'années sur le microbiote intestinal. Il est venu au podcast Symp parler de ce métier, du cas qui l'a mené vers la transplantation de microbiote fécal, et de ce que les critères Rome V changent pour les personnes qui vivent avec un intestin irritable.

Qui est Julien Scanzi ?

À côté de l'hôpital, il écrit des livres et publie sur les réseaux sociaux, et il présente ces deux canaux de la même façon : transmettre l'information scientifique disponible, en la simplifiant le moins possible.

• Spécialité : Hépato-gastro-entérologie
• Où il exerce : Hôpital de Thiers et CHU de Clermont-Ferrand, en Auvergne
• Formation complémentaire : Master de nutrition humaine et santé
• Sujets de travail : Microbiote intestinal, syndrome de l'intestin irritable, MICI, transplantation de microbiote fécal
• Groupe de travail : Commission scientifique du Groupe français de transplantation fécale (GFTF), présidé par Harry Sokol
• Livres : Deux ouvrages grand public, Éditions Leduc
• Où il publie : Instagram, @julien.scanzi

À quoi ressemble le métier d'un gastro-entérologue au quotidien ?

Deux activités, dit-il, et elles occupent presque tout. La consultation d'abord : des personnes qui viennent pour des troubles digestifs, ou pour le foie et les voies biliaires. L'endoscopie ensuite, qui représente une grande part de son temps hospitalier : la gastroscopie regarde l'œsophage, l'estomac et le début de l'intestin grêle, la coloscopie regarde le côlon. Les deux examens n'explorent donc pas les mêmes segments du tube digestif, et notre article sur le côlon et intestin grêle décrit le rôle de chacun. Une bonne partie de ces coloscopies relève du dépistage du cancer colorectal.

Sa journée ressemble à celle d'un autre gastro-entérologue hospitalier, à une nuance près : parce qu'il travaille sur le microbiote, il voit davantage de patients atteints d'une MICI, maladie de Crohn ou rectocolite hémorragique, et davantage de personnes qui vivent avec un syndrome de l'intestin irritable.

Pourquoi un intestin irritable est-il plus difficile à accompagner qu'une MICI ?

Dans une MICI, la coloscopie retrouve des anomalies de l'inflammation, et la prise en charge est codifiée, protocolisée. Dans un intestin irritable, les examens ne retrouvent rien : ni en coloscopie, ni sur les prises de sang. Il décrit un ensemble très hétérogène, avec des causes différentes et des symptômes différents d'une personne à l'autre, et une prise en charge beaucoup moins codifiée. C'est ce qui explique, selon lui, l'errance que vivent souvent ces patients : l'intestin irritable est plus complexe à prendre en charge qu'une MICI.

D'où la deuxième difficulté, celle du tri. Quand les symptômes durent depuis des années, qu'ils fluctuent avec l'alimentation et le stress, sans amaigrissement ni saignement, et que les examens déjà faits sont normaux, il pose le diagnostic sur les critères cliniques. Quand il existe un doute, un amaigrissement, un saignement, des antécédents familiaux, une anémie, la coloscopie se justifie pour éliminer une maladie visible. Elle reste un examen invasif, sous anesthésie générale, avec des risques faibles mais réels.

Une patiente raconte ce parcours dans un autre épisode du podcast : témoignage d'une patiente atteinte d'intestin irritable. Sur ce que produisent ces symptômes au quotidien, notre article sur les ballonnements et douleurs abdominales détaille les mécanismes en jeu.

Comment Julien Scanzi en est venu au microbiote ?

Par un cas, en 2013. Une patiente souffrait d'une infection à Clostridioides difficile qui revenait à chaque arrêt de l'antibiotique, parce que son microbiote intestinal était très altéré, appauvri. Elle enchaînait les hospitalisations. Il raconte qu'une étude hollandaise venait d'être publiée, qui montrait que la transplantation de microbiote fécal faisait mieux que l'antibiotique de référence dans cette indication (van Nood et al., New England Journal of Medicine, 2013).

Avec un collègue, il décide de tenter. Il n'existait alors aucun protocole écrit en France. Ses mots : « on l'a fait un peu de façon artisanale avec les selles de son fils, qui était un donneur parfaitement sain », et « elle a guéri rapidement en quelques jours ». Il ajoute que rien d'autre, à l'époque, n'aurait produit ce résultat chez cette patiente.

Cette scène se passe à l'hôpital, avant les protocoles, et elle ne décrit pas ce qui se fait aujourd'hui. Les experts ont ensuite travaillé à définir le bilan à faire chez le donneur, la façon de traiter les selles pour en faire un transplant, et la traçabilité.

Les connaissances sur le microbiote ont explosé, dit-il, quand le séquençage à haut débit de l'ADN microbien est devenu possible, un outil dont les chercheurs ne disposaient pas auparavant.

Où en est la transplantation de microbiote fécal en France ?

Le donneur, d'abord. Il faut être parfaitement sain : aucune pathologie, aucun symptôme, aucun médicament, et pas d'antécédent familial de maladie potentiellement liée au microbiote. Une fois ce premier tri fait, les prises de sang et les analyses de selles en écartent encore une grande partie, parce qu'on peut transmettre par les selles un virus, une bactérie ou un parasite. Le donneur retenu vient donner à la pharmacie de l'hôpital, qui fabrique le transplant. Les centres qui en font régulièrement disposent aujourd'hui de leur propre circuit de donneurs et de selles congelées, ce qui n'existait pas au début.

Ce que Julien Scanzi situe comme validé, comme en recherche, et comme à surveiller :

• Validé. En 2026, la seule indication clairement validée sur le plan international reste l'infection récidivante à Clostridioides difficile. Les recommandations devraient évoluer pour la proposer dès la première récidive.
• En recherche. La rectocolite hémorragique, où plusieurs essais contrôlés contre placebo ont montré un effet sur la mise en rémission des formes légères à modérées, sans que l'effet dure indéfiniment. Le syndrome de l'intestin irritable, où les études se partagent entre résultats positifs et négatifs, et où un essai français est en cours.
• À surveiller. Ce qu'un transplant transporte sans qu'on le mesure. Il prend l'exemple de Fusobacterium nucleatum, une bactérie associée au cancer colorectal, qui n'est pas recherchée chez les donneurs en pratique courante. Il ajoute qu'on ne soignera pas tout par transplantation fécale, et que l'intérêt de cette recherche est surtout de comprendre des mécanismes et d'ouvrir la voie à des traitements qui tiennent compte de l'activité microbienne.

Ce que les critères Rome V changent, selon lui, pour l'intestin irritable

Le mot « inconfort » est revenu dans la définition, et c'est le changement qu'il retient. Avec Rome IV, seule la douleur associée à des troubles du transit entrait dans le cadre, ce qui laissait dehors les personnes qui vivaient avec une gêne, des ballonnements et un transit déréglé, sans douleur franche. Rome V réintègre ces patients, et il décrit des critères plus inclusifs, qui permettent de poser le diagnostic. Sa phrase : « c'était difficile de parler de syndrome d'intestin irritable si les patients n'étaient pas douloureux, alors qu'au fond de nous, on savait que c'était quand même le même syndrome. »

Tant qu'aucun mot n'est posé sur des symptômes invalidants, dit-il, le patient pense qu'on n'a pas trouvé, et il va chercher ailleurs le médecin qui trouvera. Ce qui a changé en 2026, c'est la définition du syndrome.

Le contenu de ces critères officiels est détaillé dans notre article sur les critères Rome V. Le texte de référence est celui de Drossman, Chang et Tack, publié dans Gastroenterology en 2026.

Pourquoi parle-t-on d'axe intestin-cerveau plutôt que de trouble fonctionnel ?

Ce qu'on appelait trouble digestif fonctionnel, c'est-à-dire sans maladie retrouvée aux examens, relève désormais, pour l'essentiel, des troubles de l'interaction intestin-cerveau. Le terme est apparu avec Rome IV en 2016 et Rome V le rend plus explicite. Pour Julien Scanzi, l'intérêt est d'abord d'expliquer : le trouble porte sur la communication entre l'intestin et le cerveau, et le microbiote intervient dans cette communication, notamment par les métabolites que les bactéries produisent.

Rome V remet aussi en avant des mécanismes qui aident à expliquer d'où vient le syndrome : une infection digestive sévère, une prise d'antibiotiques qui a altéré le microbiote, un stress important, une dysbiose, l'alimentation. Notre article sur l' axe intestin-cerveau décrit cette communication en détail.

Ce qu'il attend du microbiote dans les dix ans

Le premier effet qu'il constate est un changement de regard sur les approches non médicamenteuses : l'alimentation et le régime pauvre en FODMAP, l'hypnose, la thérapie cognitivo-comportementale, l'activité physique, la gestion du stress, autant de leviers que notre article sur prendre soin de son microbiote détaille. Elles étaient mal connues, elles reviennent au premier plan, et la prise en charge devient plus globale, avec un diététicien ou un psychologue quand c'est utile. Avec une réserve qu'il pose lui-même : ces approches marchent chez certains et pas chez d'autres, d'où l'intérêt d'avoir plusieurs cartes à jouer.

Il attend ensuite de la personnalisation : prédire la réponse à un traitement, adapter le régime alimentaire et le mode de vie, avec un rôle pour le microbiote. Il ajoute que ce n'est pas du tout le cas aujourd'hui, et qu'il parle d'une dizaine d'années.

Où suivre Julien Scanzi, et comment participer à l'étude French Gut ?

Il publie sur Instagram, sous @julien.scanzi, et a écrit deux livres grand public parus chez Éditions Leduc : Incroyable microbiote ! en 2022 et L'alimentation incroyable microbiote en 2024. Ses travaux sur la transplantation fécale passent par le Groupe français de transplantation fécale, dont il est membre de la commission scientifique.

Il termine l'épisode en invitant les auditeurs à participer à l'étude French Gut. Ce projet participatif, lancé par l'INRAE avec l'AP-HP, vise à collecter 100 000 échantillons de selles auprès de personnes majeures vivant en France métropolitaine, pour relier la composition du microbiote au mode de vie, à l'alimentation et à la santé. Le microbiote diffère d'une population à l'autre, explique-t-il, et les conclusions d'une étude menée ailleurs ne se transposent pas telles quelles ici. La participation est gratuite, avec des questionnaires à remplir et un prélèvement à faire chez soi.

FAQ

Où exerce le Dr Julien Scanzi ?

Il exerce en Auvergne, sur deux établissements : l'hôpital de Thiers, où il passe l'essentiel de son temps, et le CHU de Clermont-Ferrand.

Comment prendre rendez-vous avec le Dr Julien Scanzi ?

Symp ne gère aucun rendez-vous pour lui et n'intervient pas dans son activité hospitalière. Les modalités de consultation sont à demander aux établissements où il exerce, l'hôpital de Thiers et le CHU de Clermont-Ferrand.

Quels livres a écrit Julien Scanzi ?

Deux ouvrages grand public parus chez Éditions Leduc : Incroyable microbiote ! en 2022, puis L'alimentation incroyable microbiote en 2024, coécrit avec Andréa Decaudin et Claire Trommenschlager.